El LIC Río Isábena es un espacio comprendido entre las regiones biogeográficas Alpina y Mediterránea (65 y 35 % respectivamente). Se articula en dos tramos diferentes: la cabecera localizada a una altitud superior a los 2000 metros en la vertiente meridional de la Sierra de Basibé, y el tramo medio-bajo del Isábena comprendido entre las localidades de Ballabriga y Graus en su desembocadura.
La cabecera se modela en un pequeño valle glaciar en artesa sobre materiales paleozoicos sedimentarios y metamórficos donde son predominantes los pastizales subalpinos acompañados puntualmente de matorral de Juniperus communis hemisphaerica, y matorral de Cytisus scoparius con Buxus sempervirens.
En la zona donde la cuenca se abre, en el entorno de Laspaúles, el río deposita materiales cuaternarios sobre las que se desarrollan prados de siega. El tramo medio-bajo donde se localizan diferentes niveles de terrazas pleistocenas y fondos holocenos, dominan los matorrales de Genista scorpius mezclados con quejigales (Quercus grupo faginea), y cultivos mezclados con bosques de ribera en galería. Sobre los depósitos aluviales (gravas, brechas) aparecen junqueras y saucedas de gran interés.
Destacan los bosques de ribera que forman bandas estrechas y alargadas en los márgenes del río. El más común es la sauceda, comunidad arbustiva alta domiada por Salix elaeagnos subs. angustifolia y otros sauces como Salix purpurea y alba. La calidad de las aguas en su tramo alto favorece la presencia de una rica fauna.